Он не может быть "должен" - отпуск без сохранения з/п дается исключительно по заявлению работника, а не по желанию работодателя.
Прямо в законе не определено, чего делать, но все сходятся на том, что причина отсутствия - уважительная, это не прогул.
В то же время, выполнением гос/общ. обязанностей тоже не является.
Если работник не просит "за свой счет" - отмечаете в табеле часы фактического присутствия на работе и оплачиваете только их.
