У вас в учреждении должна быть инструкция по делопроизводству, где есть раздел или пункт о печатаях учреждения или о гербовой печати(какая она, где хранится, кто отвечает за хранение и утвержденный перечень документов, на которых подпись заверяется гербовой печатью). Если у вас нет такой алгоритмической инструкции, то хотя бы приказ руководителя с тем же содержанием должен быть. Если нет ни того, ни другого, то значит у вас туповатый руководитель и непрофессиональные специалисты.