какие могут возникнуть риски в данном случае?
Между организациями договор - способ оплаты устанавливается в спецификациях, в спецификации записано: на основании счета , выставляемого контрагентом. Далее контрагент выставляет счет. затем присылает письмо с просьбой произвести задолженность по счету в адрес третьего лица по долгу контрагента, т.е. производится исполнение обязательства за контрагента нашей организацией.
Вопрос в следующем: мы фактически погашаем свою задолженность только другим способом, будет ли это влиять на достоверность произведенных платежей по договору между нами и нашим контрагентом? нужно ли что-то оформлять дополнительно? или не зачем плодить лишние документы?
Смотрите внимательно на письмо об уплате третьему лицу.
Если с письмом все в порядке (надлежащая подпись, печать, ссылка на договор (счет) и.т.д.)), то и у вас будет все в порядке - ничего оформлять дополнительно не надо.