Вопрос непонятен.
Если другая фирма "делает платежи", в смысле "канцелярском", т.е. набрала текст, получила доступ к системе банк-клиент - но действует от имени "первой" фирмы и с ее р/с - то сколько угодно.
Если же платит со своего р/с - то независимо от "банк-клиент" нельзя по налогам, остальное - можно.
Однако если фирма становится "расчетной" - это может быть банковской операцией (смотрим закон о банках), соотв., лицензирование и пр.
как то так: А обязуется оказывать от имени и за счет Б услуги по оформлению и отправлению документов Б с приминением электронной цифровой подписи по системе банк-клиент для производства расчетов с третьими лицами
нет не храним-они хранятся на расчетном счете компании Б
мы только хотим иметь возможность делать за них платежки и иметь доступ от их имени к системе банк-клиент