Имеет ли право туроператор удерживать штраф с заказчика (юр. лицо) в случае отмены последним бронирования номера в гостинице для командированного сотрудника?
Вправе удержать фактически понесенные расходы/затраты.
При отмене бронирования гостиница берет минимальный штраф (к примеру о "порядке" цифр: пару лет назад, гостиница - 1800 рублей в сутки, бронирование - 400 рублей и именно эта сумма не возвращалась).
При этом при отказе от поселения, согласно правилам оказания гостиничных услуг (см. соотв. постановление правительства), штрафы не предусмотрены. Это справедливо в отношении физ. лиц; по юр. лицам надо уточнять - могут быть нюансы.
Так что смотрите соотв. постановление по гостиничным услугам. Однако вы должны оплатить бронирование/отказ от бронирования плюс расходы туроператора (ну, зарплата сотрудникам и пр. - так как у ТО есть свои дополнительные "фактически понесенные расходы").