Если речь идет о командировочных расходах, то нет. В данном случае ссылайтесь на ст. 168 Трудового кодекса. Но это при условии, что вы заранее (до командировки) не заказываете гостиницу, не билеты и т.д. и т.п. Грубо говоря, когда работник что-то приобретает, то "заказчиком" выступает именно он. Учреждение лишь компенсирует его расходы.
А вот если учреждение заранее приобретает билеты, оплачивает проживание\питания и т.д., то в этом случае п. 26 ч. 1 ст. 93 44-ФЗ и соответственно попадает в 5%.
Однако, лучше уточните у контролирующего органа и фин. органа. А то мало ли что
