Договор подряда по сути не заключен, а работы выполнены

Добрый день! Помогите разобраться в абсурдной ситуации.
В далеком 2014 году между юр. лицами был заключен договор подряда на строительство здания. Здание построили, но денег заказчик не заплатил, т.к. не были устранены недостатки подрядчиком. Сейчас оказалось, что при заключении договора его подписало не уполномоченное лицо подрядчика (бывший директор). Ситуация очень странная, но она имеет место быть. То что заказчик не проявил должную осмотрительность при заключении это понятно (даже в выписку ЕГРЮЛ не посмотрел). Подрядчика в прошлом году налоговая исключила из реестра как недействующее ЮЛ. А налоговая проверка, проводимая у заказчика привязалась к этой стройке, т.к. сумму договора бухгалтерия не отразила, поскольку ее не оплачивали. В общем вопрос: можно ли ссылаться на незаключенность договора и вообще не отражать эту сумму нигде? или как вообще теперь разобраться во всем этом? в первый раз вообще с таким сталкиваюсь...