Банкоская гарантия при обеспечении контракта по 94-ФЗ или 44-ФЗ

Доброго времени суток!
Помогите, пожалуйста, разобраться.
У нас процедура торгов в виде открытого конкурса прошла в июле 2013г., в период действия 94-ФЗ.
Был заключен гос.контракт. Срок сдачи работ 31.12.2013г.
Обеспечение исполнения гос.контракта в конкурсной документации установлено в виде денежных средств или банковской гарантией. Мы выбрали денежное обеспечение и перечислили деньги Заказчику.
Кроме этого в конкурсной документации содержалось условие о гарантийном сроке, который тоже должен тоже входит в обеспечение.
Наш гарантийный срок равен – 90 мес. с момента передачи работ по акту.
Так вот после того, как мы сдали работы, мы естественно захотели заменить способ обеспечения, чтобы не замораживать деньги на столь длительный срок. Оформили банковскую гарантию в соответствии с требованиями конкурсной документации и руководствуясь 94-ФЗ, так как сама процедура торгов проходила в период действия этого закона, направили заказчику с сопроводительным письмом.
Заказчик нам отказывает в приеме Банковской гарантии, основывая свой отказ на том, что наша банковская гарантия не соответствует требованиям 44-ФЗ, а именно отсутствует в реестре Банковских гарантий.
Наши возражения о том, что торги проводились в период 94-ФЗ и что в конкурсной документации отсутствуют условия о включении Банковской гарантии в реестр и другие требования по 44-ФЗ, Заказчиком во внимание приняты не были. Подскажите, насколько правомерны действия Заказчика? И если не правомерны, то возможно обратиться в ФАС не с жалобой, а за разъяснениями по этому вопросу, чтобы обращаться к Заказчику впоследствии не с пустыми руками